Công trình lắp đặt Hệ thống lọc bụi, mùi thứ cấp tại Nhà máy thuốc lá Khatoco Khánh Hòa được Tổng công ty Khánh Việt đầu tư từ năm 2014. Hệ thống trên được thiết kế bao gồm 3 Modul. Các Modul được chế tạo bằng vật liệu chống ăn mòn (Inox 304) do Công ty Thiết bị Bảo hộ lao động và Môi trường Miền Nam chế tạo .

 Phân xưởng 1 hiện nay là đơn vị sản xuất thuốc sợi để cung ứng nguyên liệu chủ yếu cho các phân xưởng thuốc điếu. Trước đây Phân xưởng dùng hệ thống lọc bụi kiểu Xiclon đứng để xử lý bụi thô trước khi đi vào hệ thống lọc bụi tinh và khử mùi. Nhưng hiện nay hệ thống trên cần nâng thêm công suất thay thế bằng hệ thống xử lý bụi mùi thứ cấp mới.